然而，后金军退兵后，袁崇焕的苦日子却来了，他被朝廷治罪。当初，后金军进入的关口属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放后金兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也产生了怀疑。再加上此时后金军的不断离间，说袁崇焕与后金军曾有过秘密约定。十二月，朱由检便将袁崇焕下狱。这时候，魏忠贤的遗党王永光、高捷、袁弘勋等人终于有机可乘，想趁机给魏忠贤报仇，朱由检对他们的弹劾居然信以为真，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名，定袁崇焕死罪。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
洪承畴无奈降清
